Ako informoval Útvar hodnoty za peniaze, odhadované náklady projektu podľa aktualizovanej dokumentácie na stavebné povolenie sú 59,7 miliónov eur bez dane z pridanej hodnoty, pričom oproti štúdii uskutočniteľnosti z roku 2017 klesli približne o 18 miliónov eur, teda zhruba o štvrtinu.
Tunel Prešov má sofistikované vetranie šetriace prevádzkové náklady. Pred ním sú na oboch stranách špeciálne zdvojené zvodidlá s vysypaným štrkom uprostred, ktoré majú väčšiu tuhosť v prípade nárazu vozidiel.