Za chybami v systéme NCZI najčastejšie stoja ľudia, ktorí pri registrácii zadajú chybné údaje, môže to však byť aj lekár či personál priamo v očkovacom centre. Často je však problém aj v tom, že v NCZI sa niektoré údaje jednoducho stratia.
Už viac ako pol roka sa očkuje proti ochoreniu COVID-19 a s elektronickým systémom slúžiaci na registráciu, ktorý spravuje Národné centrum zdravotníckych informácií, sú stále problémy.