Najzávažnejšie podnety, s ktorými sa na ombudsmana obracajú ľudia, sa týkajú zásahu do telesnej integrity a porušenie práva na ochranu pred mučením, neľudským a ponižujúcim zaobchádzaním.
Samotný Kovařík momentálne čelí súdnemu procesu za to, že prerušil zásah, v rámci ktorého chcela policajná inšpekcia zadržať osoby, ktoré spolupracovali s Národnou kriminálnou agentúrou na vyšetrovaní medializovaných káuz.
Obžalovaný pred súdom vyhlásil, že je nevinný. Doplnil, že za 20 rokov svojho pôsobenia v polícii sa nestretol s takým porušením práva, aké sa deje v jeho trestnej veci.