Obnova bude vo viacerých fázach, aby zbytočne nekomplikovala mestskú hromadnú dopravu. Mesto Bratislava a Dopravný podnik Bratislava budú verejnosť informovať o všetkých plánovaných zmenách v doprave.
Investor má pri stanici do konca roka 2016 vybudovať infraštruktúru, cesty a križovatky i podzemnú električkovú trať. Mesto tvrdí, že zatiaľ nemá ani potrebné stavebné povolenia.
Stavebné práce na trati Bratislava hlavná stanica – Bratislava Rača obmedzenia dopravu dvanástich vlakov na trase z Bratislavy do Trnavy a späť. Výluka spôsobí aj asi 20 minútové meškanie piatich rýchlikov a štyroch osobných vlakov.
Na hlavnú stanicu zatiaľ premávajú len električky na linke číslo 2 od ŽST Nové Mesto, po dokončení rekonštrukcie na Jesenského ulici opäť obnovia aj linku č. 1.
Investor prestavby okolia Hlavnej stanice Bratislava tvrdí, že ak sa s mestom nedohodnú na ďalších krokoch, bude nútený chrániť si doterajšie investície vložené do projektu.