Ministerstvo v rámci auditu zistilo, že niektorí pracovníci Environmentálneho fondu navádzali starostov obcí na predkladanie vedome nepravdivých informácií v rámci projektov financovaných z dotačných schém envirofondu.
Podľa nového generálneho riaditeľa Slovenskej inšpekcie životného prostredia, Jána Jenča, vykonávajú inšpektori všetky odbery a analýzy vzoriek vôd či odpadov dodávateľsky. SIŽP totiž nemá potrebnú akreditáciu. To inšpektorov vo výkone funkcie značne obmedzuje.