Za chybami v systéme NCZI najčastejšie stoja ľudia, ktorí pri registrácii zadajú chybné údaje, môže to však byť aj lekár či personál priamo v očkovacom centre. Často je však problém aj v tom, že v NCZI sa niektoré údaje jednoducho stratia.
Podvodom je podľa Slovenskej komory daňových poradcov napríklad to, ak sa na Slovensku zakázané dočasné pridelenie zahraničného zamestnanca z tretej krajiny tvári ako poskytovanie služieb.